专用章没备案不可以用。根据国家税务总局关于新版章的文件要求，新版专用章须在门指定的刻章公司刻制，然后再统一在税务机关进行备案。国税总局的文件是要求章必须在门备案的。开具的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管，不得擅自损毁。已经开具的存根联和登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国管理办法》第二十九条开具的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管，不得擅自损毁。已经开具的存根联和登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。