公司实际出资额大于注册资本是可以的，当实际出资额大于注册资本时可以通过以下方法处理：
1、可以通过增资扩股变更工商登记的注册资本信息，重新划分出资份额比例2、可以将超出注册资本的部分划为公司向股东借款，通过其他应付款核算。
法律依据：
《公司注册资本登记管理规定》 第二条 有限责任公司的注册资本为在公司登记机关依法登记的全体股东认缴的出资额。
股份有限公司采取发起设立方式设立的，注册资本为在公司登记机关依法登记的全体发起人认购的股本总额。
股份有限公司采取募集设立方式设立的，注册资本为在公司登记机关依法登记的实收股本总额。
法律、行规以及决定规定公司注册资本实行实缴的，注册资本为股东或者发起人实缴的出资额或者实收股本总额。