法律分析：公司股东投资超过注册资本金部分可以转做留存收益入账，即留存收益=资本公积-资本溢价，还要去工商局申请公司增资，办理相应的手续。公司的股东资本金投入大于注册资本，可以作两种处理，一是在没有任何约定的情况下，超出部分作为股东对公司的债权，二是股东溢价出资，超出部分作为资本公积。若是前者可参与破产分配，但肯定不可能全部追回了，只能与其他债权人按比例分配破产财产。若是后者，作为出资，则不能追回。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第十三条 公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。
第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法承担民事责任。
第十五条 公司可以向其他企业投资；但是，除法律另有规定外，不得成为对所投资企业的债务承担连带责任的出资人。